INF8212 - Introduction aux systèmes informatiques
Plan de cours Automne 2019
Responsable(s) du cours
Coordination
Makarenkov, Vladimir |
PK-4815 |
poste 3870 |
makarenkov.vladimir@uqam.ca |
Description du cours
Ce cours vise à initier l’étudiant à un environnement de programmation, aux structures mathématiques utiles en bioinformatique et aux principes de base de la conception et de l’analyse des algorithmes. Introduction aux ordinateurs et leurs systèmes d’exploitation.
Préalables académiques :
Principes d’utilisation, gestion de fichiers, interfaces d’utilisateurs, consultation de la documentation intégrée, édition de fichiers. Introduction à Internet et aux ressources bioinformatiques: transactions sur Internet, utiliser les outils de recherche (bioinformatiques. Introduction à la programmation: représentation des données et principales structures de contrôle, méthodologie de programmation: spécification, documentation, élaboration, mise au point, vérification; utilitaires d’aide à la programmation et au traitement de données. Introduction aux fonctions, aux listes et tableaux. Ce cours intègre la théorie et la pratique sur des postes informatiques. Il comporte une séance supplémentaire obligatoire de laboratoire.
Objectif du cours
Ce cours vise à initier l’étudiant, l’étudiante à l’utilisation:
- des micro-ordinateurs, de leur système d’exploitation, d’Internet ;
- de la programmation dans un langage de haut niveau ;
- des structures de données et algorithmes ;
- des bases de données [relationnelles] ;
- de certains outils requis plus spécifiquement par la bioinformatique.
À la fin du cours, l’étudiant, l’étudiante devrait être en mesure d’établir et réaliser une procédure technique de résolution d’un problème simple demandé à un, une bioinformaticien-ne, comme par exemple trouver, choisir et/ou élaborer les outils pour retracer une séquence dans une base de données, sauvegarder les données recueillies, les manipuler en les traitant à l’aide d’un programme simple en langage de haut niveau.
Les compétences développées dans le cadre de ce cours rendront l’étudiant, l’étudiante capable de :
- Utiliser un micro-ordinateur pour ses fonctions d’usage courant (manipulation de fichiers, sauvegarde, utilisation d’applications)
- Utiliser efficacement les outils exploitant Internet (courriel, FTP, Telnet, WWW, outils de publication d’information dans Internet
- Utiliser un environnement de développement de logiciel
- Utiliser une approche structurée dans la résolution de problèmes
- Concevoir et de codifier de petits programmes manipulant principalement des objets représentant des chaînes de caractères
- Effectuer des requêtes simples à une base de données
- Choisir et utiliser les outils disponibles afin de recueillir des données bio-informatiques dans Internet, les sauvegarder, les manipuler et les traiter
- Interpréter correctement les formats de données dans des fichiers ou des bases de données
- Comprendre et utiliser correctement les termes techniques associés aux concepts présentés
Contenu du cours
- Semaine 1 : Présentation du cours - Systèmes d’exploitations - Linux
- Semaine 2 : La représentation et la manipulation des nombres et des caractères
- Semaine 3 : Programmation I - Langage Python / Structures de données
- Semaine 4 : Programmation II - Langage Python / Structures de données
- Semaine 5 : Programmation III - Langage Python / Structures de données
- Semaine 6 : Programmation IV - Langage Python / Étude de cas
- Semaine 7 : Examen Intra
- Semaine 8 : Programmation V - Langage Python / Structures de données
- Semaine 9 : Programmation VI - Langage Python / Structures de données
- Semaine 10 : Introduction à BioPython
- Semaine 11 : Expressions régulières I
- Semaine 12 : Expressions régulières II
- Semaine 13 : Base de données I
- Semaine 14 : Base de données II
- Semaine 15 : Examen final
Modalités d’évaluation
Description sommaire | Date | Pondération |
---|---|---|
Travail de session : partie 1 | Semaine 8 : évaluation en présentiel | 5% |
Travail de session : partie 2 | Semaine 11 : évaluation en présentiel | 10% |
Travail de session : partie 3 | Semaine 14 : évaluation en présentiel + remise electronique | 15% |
Examen intra | Semaine 7 | 35% |
Examen final | Semaine 15 | 35% |
Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants : http://www.integrite.uqam.ca, http://www.bibliotheques.uqam.ca/plagiat et http://www.sciences.uqam.ca/decanat/reglements.php
Médiagraphie
VO – Notes de cours distribuées par les enseignants http://www.moodle.uqam.ca.
UO – Site officiel : https://www.python.org/
UO – BioPython : http://biopython.org/
VR – Apprendre à programmer avec Python 3, Gérard Swinnen http://inforef.be/swi/python.htm
VR – Learning Python, 5th Edition, Mark Luiz
L’autorisation de reprendre un examen en cas d’absence est de caractère exceptionnel. Pour obtenir un tel privilège, l’étudiant-e doit avoir des motifs sérieux et bien justifiés.
Il est de la responsabilité de l’étudiant-e de ne pas s’inscrire à des cours qui sont en conflit d’horaire, tant en ce qui concerne les séances de cours ou d’exercices que les examens. De tels conflits d’horaire ne constituent pas un motif justifiant une demande d’examen de reprise.
Dans le cas d’une absence pour raison médicale, l’étudiant-e doit joindre un certificat médical original et signé par le médecin décrivant la raison de l’absence à l’examen. Les dates d’invalidité doivent être clairement indiquées sur le certificat. Une vérification de la validité du certificat pourrait être faite. Dans le cas d’une absence pour une raison non médicale, l’étudiant-e doit fournir les documents originaux expliquant et justifiant l’absence à l’examen ; par exemple, lettre de la Cour en cas de participation à un jury, copie du certificat de décès en cas de décès d’un proche, etc. Toute demande incomplète sera refusée. Si la direction du programme d’études de l’étudiant-e constate qu’un étudiant a un comportement récurrent d’absence aux examens, l’étudiant-e peut se voir refuser une reprise d’examen. L’étudiant-e absent-e lors d’un examen doit, dans les cinq (5) jours ouvrables suivant la date de l’examen, présenter une demande de reprise en utilisant le formulaire prévu, disponible sur le site Web du département à l’adresse suivante : http://info.uqam.ca/politiques/.
L’étudiant-e doit déposer le formulaire dûment complété au secrétariat de la direction de son programme d’études : PK-3150 pour les programmes de premier cycle, PK-4150 pour les programmes de cycles supérieurs.
Pour plus de détails sur la politique d’absence aux examens du Département d’informatique, consultez le site web suivant : http://info.uqam.ca/politiques/.
PLAGIAT Règlement no 18 sur les infractions de nature académique. (extraits)
Tout acte de plagiat, fraude, copiage, tricherie ou falsification de document commis par une étudiante, un étudiant, de même que toute participation à ces actes ou tentative de les commettre, à l'occasion d'un examen ou d'un travail faisant l'objet d'une évaluation ou dans toute autre circonstance, constituent une infraction au sens de ce règlement.
La liste non limitative des infractions est définie comme suit :
- la substitution de personnes;
- l'utilisation totale ou partielle du texte d'autrui en la faisant passer pour sien ou sans indication de référence;
- la transmission d'un travail pour fins d'évaluatiion alors qu'il constitue essentiellement un travail qui a déjà été transmis pour fins d'évaluation académique à l'Université ou dans une autre institution d'enseignement, sauf avec l'accord préalable de l'enseignante, l'enseignant;
- l'obtention par vol, manoeuvre ou corruption de questions ou de réponses d'examen ou de tout autre document ou matériel non autorisés, ou encore d'une évaluation non méritée;
- la possession ou l'utilisation, avant ou pendant un examen, de tout document non autorisé;
- l'utilisation pendant un examen de la copie d'examen d'une autre personne;
- l'obtention de toute aide non autorisée, qu'elle soit collective ou individuelle;
- la falsification d'un document, notamment d'un document transmis par l'Université ou d'un document de l'Université transmis ou non à une tierce persone, quelles que aoient les circonstances;
- la falsification de données de recherche dans un travail, notamment une thèse, un mémoire, un mémoire-création, un rapport de stage ou un rapport de recherche;
Les sanctions reliées à ces infrations sont précisées à l'article 3 du Règlement no 18.
Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants : http://www.sciences.uqam.ca/etudiants/integrite-academique.html et https://r18.uqam.ca/
Politique no 16 visant à prévenir et combattre le sexisme et les violences à caractère sexuel
Pour consulter la politique no 16 : http://instances.uqam.ca/wp-content/uploads/sites/47/2018/05/Politique_no_16.pdf
Services offerts :
Pour obtenir de l’aide, faire une divulgation ou une plainte : Bureau d’intervention et de prévention en matière de harcèlement 514 987-3000, poste 0886
Pour la liste des services offerts en matière de violence sexuelle à l’UQAM et à l’extérieur de l’UQAM : http://harcelement.uqam.ca
CALACS Trêve pour Elles – point de services UQAM : 514 987-0348 calacs@uqam.ca http://trevepourelles.org
Soutien psychologique (Services à la vie étudiante) : 514 987-3185 Local DS-2110
Service de la prévention et de la sécurité : 514 987-3131
Les étudiants qui ont une lettre signée de leur conseillère ou conseiller de l’Accueil et de soutien aux étudiants en situation de handicap (ASESH), dans laquelle il est fait état de leur inscription au ASESH à titre d’étudiant(e) en situation de handicap, sont invités à remettre ce document à leurs professeur(e)s et chargé(e)s de cours dès le début de la session afin que les aménagements dans le respect des exigences académiques soient déterminées de concert avec chacun des professeur(e)s et chargé(e)s de cours. Les étudiants qui ont une déficience et qui ne seraient pas inscrits au ASESH sont priés de se présenter au AB-2300.
Étudiants avant une déficience de type visuelle, auditive, motrice, trouble d’apprentissage, trouble envahissant du développement et trouble de santé mentale:
Les étudiant(e)s qui ont une lettre d’Attestation des mesures d’aménagements académiques obtenue auprès d’une conseillère, d’un conseiller de l’ACCUEIL ET SOUTIEN AUX ÉTUDIANTS EN SITUATION DE HANDICAP (ASESH) doivent rencontrer leurs enseignant(e)s au début de la session afin que des mesures d’aménagement en classe ou lors des évaluations puissent être mises en place. Ceux et celles qui ont une déficience ou une incapacité mais qui n’ont pas cette lettre doivent contacter l’ASESH au (514) 987-3148 ou se présenter au AB-2300 le plus tôt possible.