INF889E — Méthodes d’intelligence artificielle en bioinformatique (UQAM)

INF889E - Méthodes d’intelligence artificielle en bioinformatique

Plan de cours Hiver 2021

Horaires, locaux et enseignants
Version PDF du plan de cours

Responsable(s) du cours

Diallo, Abdoulaye Baniré
PK-4535
diallo.abdoulaye@uqam.ca
http://labo.bioinfo.uqam.ca/
Groupes: 040

Description du cours

Objectifs

Ce cours vise à présenter aux étudiants les récentes méthodes d’intelligence artificielle en bioinformatique. Il vise aussi à passer en revue les fondements, approches et techniques d’intelligence artificielle utilisée en bioinformatique appliquée à la santé et l’agriculture.

Sommaire du contenu

Introduction aux principales approches d’intelligence artificielle en bioinformatique. Méthodes d’apprentissage à partir des données génomiques. Méthodes d’intégration de données. Acquisition et représentation de connaissances. Méthodes génératives. Méthodes appliquées aux diagnostiques et surveillances des maladies. Approches d’intelligence artificielle en agriculture et sécurité alimentaire.

Formule pédagogique

Ce cours sera constitué de 14 séances de cours et deux séances de présentation de projets.

Calendrier

Semaines Contenus Invités
19 Janvier Présentation du programme. Présentation du plan de cours. Entente d’évaluation. NA
26 Janvier Types de données en bioinformatique NA
2 Février Approches classiques d’analyses et classification de séquences génomiques (annotation, fonction, évolution et phylogénie) NA
9 Février Approches classiques d’analyses et classification de données d’expression et de structures protéiques NA
16 Février Introduction au concept d’Intelligence artificielle 1 (Historique, approches (focus sur l’apprentissage machine), types d’encodage de données génomiques) NA
23 Février Introduction au concept d’Intelligence artificielle 2 (Principales architectures HMM, CNN, VAE, ….) NA
2 Mars relache NA
9 Mars Modèles génératifs et discriminatifs d’analyse de séquences. Ex. Méthodes de surveillances Amine remita
16 Mars Algorithmes de recherche de motifs séquentiels (algorithmes génétiques, NLP) Dylan Lebatteux
23 Mars Méthodes d’intégration de données multi-omics (Ex. cancer) NA
30 Mars Acquisition et représentation de connaissance (extraction de connaissances du texte, BERT, BioBert, Ontologies) Ahmed Halioui
6 Avril Méthodes IA en diagnostiques médicales NA
13 Avril Méthodes IA en agriculture (sécurité alimentaire, productivité des champs, Analyse de profits) NA
20 Avril Présentation de projet NA
27 Avril Présentation de projet NA

Évaluations

Description Date Pondération
Résumé du projet envisagé 16 mars 5%
Projet : 1er livrable 16 mars 10%
Projet : Programme finale 6 avril 10%
Projet : Rapport-article 27 avril 20%
Projet : présentation projet 20-27 avril 20%
Article : Évaluation article (2 pages) 15%
Article : présentation article 20%

Modalité

Résumé du projet envisagé

Les étudiants devront résumer, en 500 caractères, le projet de cours envisagé. Ce résumé devra présenter clairement la problématique, l’introduction brève au domaine, la revue de littératures et les approches IA qui seront exploitées.

Résumé d’un article

Dans cet exercice, les étudiants devront résumer en deux pages le contenu d’un article scientifique. Les étudiants devront se prêter à un exercice de jugement et d’analyse critique d’un article scientifique. Un formulaire de remise sera mis à la disposition des étudiants pour complétion.Cet article sera remis 3 semaines avant la date de dépôt du résumé.

Présentation d’un article

Les étudiants présenteront à leur collègue l’article lu. Cette présentation devra comprendre, l’introduction à la problématique, les approches utilisées, les résultats obtenus, les discussions et une évaluation critique. Cette présentation durera 45 min. Cet article sera remis au plus tard 3 semaines avant la date de remise.

Projet

Les étudiants devront choisir un projet pour la session et fournir un résumé de projets. Ce projet doit toucher un des thèmes du court et avoir les volets suivants : collecte de données, méthodes IA d’analyse de ces données, des résultats interprétables. Les étudiants devront aussi fournir les résultats d’évaluation préliminaires en mi session.

Projet 1er livrable

Dans ce premier livrable, les étudiants décriront les données collectées, et les analyses descriptives des données collectées. Ce document ne doit pas dépasser 3 pages.

Projet : programme finale

Les étudiants devront pousser leur code dans un github accessible pour évaluation. Ce code doit être suffisamment documenté pour s’assurer de sa compréhension.

Projet : présentation

Les étudiants devront présenter en 20 min les résultats de leur projet sous format de présentation de conférence.

Projet : rapport article

Les étudiants devront remettre un document qui décrit le projet. Ce document devra être conforme au gabarit d’article LNCS. Ce rapport sera limité à 12 pages. Il devra inclure minimalement les sections:

Remise de documents et échéanciers :

Tous les documents doivent être remis via moodle et les dates d’échéances seront strictement respectées. Les évaluations d’articles sont en équipe de deux étudiants et les projets sont strictement individuels. Aucun document remis en retard ne sera évalué, entrainant automatiquement 0 pour la composante évaluée.

Règlement plagiat :

Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants : http://www.sciences.uqam.ca/etudiants/integrite-academique.html et http://www.bibliotheques.uqam.ca/recherche/plagiat/index.html Site du cours et documentations: http://www.moodle.uqam.ca

Participation à un cours ou à une activité d’enseignement en ligne

Politique d’absence aux examens

Reprise d’examen

L’autorisation de reprendre un examen en cas d’absence est de caractère exceptionnel. Pour obtenir un tel privilège, l’étudiant-e doit avoir des motifs sérieux et bien justifiés.

Conflits d’horaire

Il est de la responsabilité de l’étudiant.e de ne pas s’inscrire à des cours qui sont en conflit d’horaire, tant en ce qui concerne les séances de cours ou d’exercices que les examens. De tels conflits d’horaire ne constituent pas un motif justifiant une demande d’examen de reprise.

Procédure

L’étudiant.e absent.e lors d’un examen doit, dans les cinq (5) jours ouvrables suivant la date de l’examen, présenter une demande de reprise en utilisant le formulaire prévu, disponible sur http://info.uqam.ca/politiques.

L’étudiant.e doit déposer le formulaire dûment complété au secrétariat de la direction de son programme d’études :

Pièces justificatives

Dans le cas d’une absence pour raison médicale, l’étudiant.e doit joindre un certificat médical original et signé par le médecin décrivant la raison de l’absence à l’examen. Les dates d’invalidité doivent être clairement indiquées sur le certificat. Une vérification de la validité du certificat pourrait être faite. Dans le cas d’une absence pour une raison non médicale, l’étudiant.e doit fournir les documents originaux expliquant et justifiant l’absence à l’examen ; par exemple, lettre de la Cour en cas de participation à un jury, copie du certificat de décès en cas de décès d’un proche, etc. Toute demande incomplète sera refusée. Si la direction du programme d’études de l’étudiant.e constate qu’un.e étudiant.e a un comportement récurrent d’absence aux examens, l’étudiant.e peut se voir refuser une reprise d’examen.

Pour plus d’informations

Consulter la page http://info.uqam.ca/politiques.

Règlement numéro 18 sur les infractions de nature académique (extraits)

Tout acte de plagiat, fraude, copiage, tricherie ou falsification de document commis par une étudiante, un étudiant, de même que toute participation à ces actes ou tentative de les commettre, à l’occasion d’un examen ou d’un travail faisant l’objet d’une évaluation ou dans toute autre circonstance, constituent une infraction au sens de ce règlement.

La liste non limitative des infractions est définie comme suit :

Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements :

Politique no 16 visant à prévenir et combattre le sexisme et les violences à caractère sexuel

Les violences à caractère sexuel se définissent comme étant des comportements, propos et attitudes à caractère sexuel non consentis ou non désirés, avec ou sans contact physique, incluant ceux exercés ou exprimés par un moyen technologique, tels les médias sociaux ou autres médias numériques. Les violences à caractère sexuel peuvent se manifester par un geste unique ou s’inscrire dans un continuum de manifestations et peuvent comprendre la manipulation, l’intimidation, le chantage, la menace implicite ou explicite, la contrainte ou l’usage de force.

Les violences à caractère sexuel incluent, notamment :

Pour consulter la politique no 16

https://instances.uqam.ca/wp-content/uploads/sites/47/2018/05/Politique_no_16.pdf

Pour obtenir de l’aide, faire une divulgation ou une plainte

Bureau d’intervention et de prévention en matière de harcèlement
514-987-3000, poste 0886

Pour obtenir la liste des services offerts à l’UQAM et à l’extérieur de l’UQAM

https://harcelement.uqam.ca

Soutien psychologique (Services à la vie étudiante)

514-987-3185
Local DS-2110

CALACS Trêve pour Elles – point de services UQAM

514 987-0348
calacs@uqam.ca
http://trevepourelles.org

Service de la prévention et de la sécurité

514-987-3131

Politique no 44 d’accueil et de soutien des étudiant.e.s en situation de handicap 

Politique

Par sa politique, l’Université reconnait, en toute égalité des chances, sans discrimination ni privilège, aux étudiant.e.s en situation de handicap, le droit de bénéficier de l’ensemble des ressources du campus et de la communauté universitaire, afin d’assurer la réussite de leurs projets d’études, et ce, dans les meilleures conditions possibles. L’exercice de ce droit est, par ailleurs, tributaire du cadre réglementaire régissant l’ensemble des activités de l’Université.

Responsabilité de l’étudiant.e

Il incombe aux étudiant.e.s en situation de handicap de rencontrer les intervenant.e.s (conseiller.ère.s à l’accueil et à l’intégration du Service d’accueil et de soutien des étudiant.e.s en situation de handicap, professeur.e.s, chargé.e.s de cours, direction de programmes, associations étudiantes concernées, etc.) qui pourront faciliter leur intégration à la communauté universitaire ou les assister et les soutenir dans la résolution de problèmes particuliers en lien avec les limitations entraînées par leur déficience.

Service d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap

Le Service d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap (SASESH) offre des mesures d’aménagement dont peuvent bénéficier certains étudiant.e.s. Il est fortement recommandé aux de se prévaloir de ces services afin de réussir ses études, sans discrimination. Pour plus d’information, visiter le site de ce service : https://vie-etudiante.uqam.ca/etudiant-situation-handicap/nouvelles-ressources.html et celui de la politique institutionnelle d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap : https://instances.uqam.ca/wp-content/uploads/sites/47/2018/05/Politique_no_44.pdf

Il est important d’informer le SASESH de votre situation le plus tôt possible :