INF889E - Méthodes d’intelligence artificielle en bioinformatique
Plan de cours Hiver 2021
Responsable(s) du cours
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Description du cours
Objectifs
Ce cours vise à présenter aux étudiants les récentes méthodes d’intelligence artificielle en bioinformatique. Il vise aussi à passer en revue les fondements, approches et techniques d’intelligence artificielle utilisée en bioinformatique appliquée à la santé et l’agriculture.
Sommaire du contenu
Introduction aux principales approches d’intelligence artificielle en bioinformatique. Méthodes d’apprentissage à partir des données génomiques. Méthodes d’intégration de données. Acquisition et représentation de connaissances. Méthodes génératives. Méthodes appliquées aux diagnostiques et surveillances des maladies. Approches d’intelligence artificielle en agriculture et sécurité alimentaire.
Formule pédagogique
Ce cours sera constitué de 14 séances de cours et deux séances de présentation de projets.
Calendrier
Semaines | Contenus | Invités |
---|---|---|
19 Janvier | Présentation du programme. Présentation du plan de cours. Entente d’évaluation. | NA |
26 Janvier | Types de données en bioinformatique | NA |
2 Février | Approches classiques d’analyses et classification de séquences génomiques (annotation, fonction, évolution et phylogénie) | NA |
9 Février | Approches classiques d’analyses et classification de données d’expression et de structures protéiques | NA |
16 Février | Introduction au concept d’Intelligence artificielle 1 (Historique, approches (focus sur l’apprentissage machine), types d’encodage de données génomiques) | NA |
23 Février | Introduction au concept d’Intelligence artificielle 2 (Principales architectures HMM, CNN, VAE, ….) | NA |
2 Mars | relache | NA |
9 Mars | Modèles génératifs et discriminatifs d’analyse de séquences. Ex. Méthodes de surveillances | Amine remita |
16 Mars | Algorithmes de recherche de motifs séquentiels (algorithmes génétiques, NLP) | Dylan Lebatteux |
23 Mars | Méthodes d’intégration de données multi-omics (Ex. cancer) | NA |
30 Mars | Acquisition et représentation de connaissance (extraction de connaissances du texte, BERT, BioBert, Ontologies) | Ahmed Halioui |
6 Avril | Méthodes IA en diagnostiques médicales | NA |
13 Avril | Méthodes IA en agriculture (sécurité alimentaire, productivité des champs, Analyse de profits) | NA |
20 Avril | Présentation de projet | NA |
27 Avril | Présentation de projet | NA |
Évaluations
Description | Date | Pondération |
---|---|---|
Résumé du projet envisagé | 16 mars | 5% |
Projet : 1er livrable | 16 mars | 10% |
Projet : Programme finale | 6 avril | 10% |
Projet : Rapport-article | 27 avril | 20% |
Projet : présentation projet | 20-27 avril | 20% |
Article : Évaluation article (2 pages) | 15% | |
Article : présentation article | 20% |
Modalité
Résumé du projet envisagé
Les étudiants devront résumer, en 500 caractères, le projet de cours envisagé. Ce résumé devra présenter clairement la problématique, l’introduction brève au domaine, la revue de littératures et les approches IA qui seront exploitées.
Résumé d’un article
Dans cet exercice, les étudiants devront résumer en deux pages le contenu d’un article scientifique. Les étudiants devront se prêter à un exercice de jugement et d’analyse critique d’un article scientifique. Un formulaire de remise sera mis à la disposition des étudiants pour complétion.Cet article sera remis 3 semaines avant la date de dépôt du résumé.
Présentation d’un article
Les étudiants présenteront à leur collègue l’article lu. Cette présentation devra comprendre, l’introduction à la problématique, les approches utilisées, les résultats obtenus, les discussions et une évaluation critique. Cette présentation durera 45 min. Cet article sera remis au plus tard 3 semaines avant la date de remise.
Projet
Les étudiants devront choisir un projet pour la session et fournir un résumé de projets. Ce projet doit toucher un des thèmes du court et avoir les volets suivants : collecte de données, méthodes IA d’analyse de ces données, des résultats interprétables. Les étudiants devront aussi fournir les résultats d’évaluation préliminaires en mi session.
Projet 1er livrable
Dans ce premier livrable, les étudiants décriront les données collectées, et les analyses descriptives des données collectées. Ce document ne doit pas dépasser 3 pages.
Projet : programme finale
Les étudiants devront pousser leur code dans un github accessible pour évaluation. Ce code doit être suffisamment documenté pour s’assurer de sa compréhension.
Projet : présentation
Les étudiants devront présenter en 20 min les résultats de leur projet sous format de présentation de conférence.
Projet : rapport article
Les étudiants devront remettre un document qui décrit le projet. Ce document devra être conforme au gabarit d’article LNCS. Ce rapport sera limité à 12 pages. Il devra inclure minimalement les sections:
- Titre : max. 150 caractères
- Résumé : max. 450 mots
- Introduction
- Matériels&Méthodes
- Résulats
- Discussion
- Bibliographie
Remise de documents et échéanciers :
Tous les documents doivent être remis via moodle et les dates d’échéances seront strictement respectées. Les évaluations d’articles sont en équipe de deux étudiants et les projets sont strictement individuels. Aucun document remis en retard ne sera évalué, entrainant automatiquement 0 pour la composante évaluée.
Règlement plagiat :
Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants : http://www.sciences.uqam.ca/etudiants/integrite-academique.html et http://www.bibliotheques.uqam.ca/recherche/plagiat/index.html Site du cours et documentations: http://www.moodle.uqam.ca
Participation à un cours ou à une activité d’enseignement en ligne
Lors d’un cours ou d’une activité d’enseignement en ligne, le personnel enseignant peut décider, selon le cas, de procéder à l’enregistrement audio ou audiovisuel du cours ou de l’activité d’enseignement. Le personnel enseignant peut partager l’enregistrement uniquement à son groupe-cours.
En cas d’enregistrement, l’étudiante, l’étudiant sera informé au début de la séance.
Il est de la responsabilité de l’étudiante, de l’étudiant de désactiver son microphone et/ou sa caméra s’il ne souhaite pas être enregistré.
À défaut de désactiver son microphone et/ou sa caméra, l’étudiante, l’étudiant consent à l’enregistrement audio ou audiovisuel, à la conservation, à la rediffusion et à l’utilisation de l’enregistrement de son nom, de sa voix et de son image dans le cadre du cours ou de l’activité en ligne. L’étudiante, l’étudiant reconnaît ne détenir aucun droit dans l’enregistrement.
Sauf avec l’autorisation expresse écrite du personnel enseignant, il est interdit de reproduire, d’enregistrer, de publier, de diffuser, de communiquer ou de partager, par quelque moyen que ce soit, tout ou partie de l’enregistrement d’un cours ou d’une activité d’enseignement en ligne de même que tout matériel pédagogique s’y rattachant.
Une étudiante, un étudiant qui contrevient à ce qui précède s’expose aux sanctions prévues dans les règlements et politiques de l’UQAM ou à tout recours légal, notamment en vertu de la Loi sur le droit d’auteur.
Politique d’absence aux examens
Reprise d’examen
L’autorisation de reprendre un examen en cas d’absence est de caractère exceptionnel. Pour obtenir un tel privilège, l’étudiant-e doit avoir des motifs sérieux et bien justifiés.
Conflits d’horaire
Il est de la responsabilité de l’étudiant.e de ne pas s’inscrire à des cours qui sont en conflit d’horaire, tant en ce qui concerne les séances de cours ou d’exercices que les examens. De tels conflits d’horaire ne constituent pas un motif justifiant une demande d’examen de reprise.
Procédure
L’étudiant.e absent.e lors d’un examen doit, dans les cinq (5) jours ouvrables suivant la date de l’examen, présenter une demande de reprise en utilisant le formulaire prévu, disponible sur http://info.uqam.ca/politiques.
L’étudiant.e doit déposer le formulaire dûment complété au secrétariat de la direction de son programme d’études :
- PK-3150 pour les programmes de premier cycle
- PK-4150 pour les programmes de cycles supérieurs
Pièces justificatives
Dans le cas d’une absence pour raison médicale, l’étudiant.e doit joindre un certificat médical original et signé par le médecin décrivant la raison de l’absence à l’examen. Les dates d’invalidité doivent être clairement indiquées sur le certificat. Une vérification de la validité du certificat pourrait être faite. Dans le cas d’une absence pour une raison non médicale, l’étudiant.e doit fournir les documents originaux expliquant et justifiant l’absence à l’examen ; par exemple, lettre de la Cour en cas de participation à un jury, copie du certificat de décès en cas de décès d’un proche, etc. Toute demande incomplète sera refusée. Si la direction du programme d’études de l’étudiant.e constate qu’un.e étudiant.e a un comportement récurrent d’absence aux examens, l’étudiant.e peut se voir refuser une reprise d’examen.
Pour plus d’informations
Consulter la page http://info.uqam.ca/politiques.
Règlement numéro 18 sur les infractions de nature académique (extraits)
Tout acte de plagiat, fraude, copiage, tricherie ou falsification de document commis par une étudiante, un étudiant, de même que toute participation à ces actes ou tentative de les commettre, à l’occasion d’un examen ou d’un travail faisant l’objet d’une évaluation ou dans toute autre circonstance, constituent une infraction au sens de ce règlement.
La liste non limitative des infractions est définie comme suit :
la substitution de personnes;
l’utilisation totale ou partielle du texte d’autrui en la faisant passer pour sien ou sans indication de référence;
la transmission d’un travail pour fins d’évaluatiion alors qu’il constitue essentiellement un travail qui a déjà été transmis pour fins d’évaluation académique à l’Université ou dans une autre institution d’enseignement, sauf avec l’accord préalable de l’enseignante, l’enseignant;
l’obtention par vol, manoeuvre ou corruption de questions ou de réponses d’examen ou de tout autre document ou matériel non autorisés, ou encore d’une évaluation non méritée;
la possession ou l’utilisation, avant ou pendant un examen, de tout document non autorisé;
l’utilisation pendant un examen de la copie d’examen d’une autre personne;
l’obtention de toute aide non autorisée, qu’elle soit collective ou individuelle;
la falsification d’un document, notamment d’un document transmis par l’Université ou d’un document de l’Université transmis ou non à une tierce persone, quelles que soient les circonstances;
la falsification de données de recherche dans un travail, notamment une thèse, un mémoire, un mémoire-création, un rapport de stage ou un rapport de recherche;
Les sanctions reliées à ces infrations sont précisées à l’article 3 du Règlement no 18.
Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements :
Politique no 16 visant à prévenir et combattre le sexisme et les violences à caractère sexuel
Les violences à caractère sexuel se définissent comme étant des comportements, propos et attitudes à caractère sexuel non consentis ou non désirés, avec ou sans contact physique, incluant ceux exercés ou exprimés par un moyen technologique, tels les médias sociaux ou autres médias numériques. Les violences à caractère sexuel peuvent se manifester par un geste unique ou s’inscrire dans un continuum de manifestations et peuvent comprendre la manipulation, l’intimidation, le chantage, la menace implicite ou explicite, la contrainte ou l’usage de force.
Les violences à caractère sexuel incluent, notamment :
- la production ou la diffusion d’images ou de vidéos sexuelles explicites et dégradantes, sans motif pédagogique, de recherche, de création ou d’autres fins publiques légitimes;
- les avances verbales ou propositions insistantes à caractère sexuel non désirées;
- la manifestation abusive et non désirée d’intérêt amoureux ou sexuel;
- les commentaires, les allusions, les plaisanteries, les interpellations ou les insultes à caractère sexuel, devant ou en l’absence de la personne visée;
- les actes de voyeurisme ou d’exhibitionnisme;
- le (cyber) harcèlement sexuel;
- la production, la possession ou la diffusion d’images ou de vidéos sexuelles d’une personne sans son consentement;
- les avances non verbales, telles que les avances physiques, les attouchements, les frôlements, les pincements, les baisers non désirés;
- l’agression sexuelle ou la menace d’agression sexuelle;
- l’imposition d’une intimité sexuelle non voulue;
- les promesses de récompense ou les menaces de représailles, implicites ou explicites, liées à la satisfaction ou à la non-satisfaction d’une demande à caractère sexuel.
Pour consulter la politique no 16
https://instances.uqam.ca/wp-content/uploads/sites/47/2018/05/Politique_no_16.pdf
Pour obtenir de l’aide, faire une divulgation ou une plainte
Bureau d’intervention et de prévention en matière de harcèlement
514-987-3000, poste 0886
Pour obtenir la liste des services offerts à l’UQAM et à l’extérieur de l’UQAM
Soutien psychologique (Services à la vie étudiante)
514-987-3185
Local DS-2110
CALACS Trêve pour Elles – point de services UQAM
514 987-0348
calacs@uqam.ca
http://trevepourelles.org
Service de la prévention et de la sécurité
514-987-3131
Politique no 44 d’accueil et de soutien des étudiant.e.s en situation de handicap
Politique
Par sa politique, l’Université reconnait, en toute égalité des chances, sans discrimination ni privilège, aux étudiant.e.s en situation de handicap, le droit de bénéficier de l’ensemble des ressources du campus et de la communauté universitaire, afin d’assurer la réussite de leurs projets d’études, et ce, dans les meilleures conditions possibles. L’exercice de ce droit est, par ailleurs, tributaire du cadre réglementaire régissant l’ensemble des activités de l’Université.
Responsabilité de l’étudiant.e
Il incombe aux étudiant.e.s en situation de handicap de rencontrer les intervenant.e.s (conseiller.ère.s à l’accueil et à l’intégration du Service d’accueil et de soutien des étudiant.e.s en situation de handicap, professeur.e.s, chargé.e.s de cours, direction de programmes, associations étudiantes concernées, etc.) qui pourront faciliter leur intégration à la communauté universitaire ou les assister et les soutenir dans la résolution de problèmes particuliers en lien avec les limitations entraînées par leur déficience.
Service d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap
Le Service d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap (SASESH) offre des mesures d’aménagement dont peuvent bénéficier certains étudiant.e.s. Il est fortement recommandé aux de se prévaloir de ces services afin de réussir ses études, sans discrimination. Pour plus d’information, visiter le site de ce service : https://vie-etudiante.uqam.ca/etudiant-situation-handicap/nouvelles-ressources.html et celui de la politique institutionnelle d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap : https://instances.uqam.ca/wp-content/uploads/sites/47/2018/05/Politique_no_44.pdf
Il est important d’informer le SASESH de votre situation le plus tôt possible :
- En personne : 1290, rue Saint-Denis, Pavillon Saint-Denis, local AB-2300
- Par téléphone : 514 987-3148
- Par courriel : situation.handicap@uqam.ca
- En ligne : https://vie-etudiante.uqam.ca/