BIF7101 - Bioinformatique des structures
Hiver 2017 - Version (31/01/17 12:36)
Groupe 30
Mercredi, de 17h30 à 20h30 SH-3580 (cours)
Responsable(s) du cours
Nom du coordonnateur : WILLEMS, MatthieuNom de l'enseignant : WILLEMS, Matthieu
Local : PK-4660
Téléphone : (514) 987-3000 #4803
Disponibilité : Mercredi à partir de 14h00
Courriel : willems.matthieu@uqam.ca
Site Web :
Autre enseignant : LORD, Étienne
Description du cours
Modalités d'évaluation
| Évaluations | Dates de remise | Pondération |
| TP1 Phylogénie | 08 mars 2017 | 25% |
| Résumé du projet | 15 mars 2017 | 05% |
| TP2 Protéines et réseaux | 19 avril 2017 | 25% |
| Projet de session | 03 mai 2017 | 30% |
| Présentation orale | 26 avril 2017 | 15% |
Travaux pratiques (T.P.)
Les T.P. seront de petits exercices qui touchent directement la matière enseignée les semaines précédentes. Les énoncés seront donnés trois semaines avant la date de remise. Les travaux pratiques doivent être faits individuellement et remis sous format papier et sous format éléctronique pour les annexes.
Projet de session
Les projets de session sont à faire en équipe de deux étudiants. Les équipes devront définir et envoyer un énoncé de projet à un des deux professeurs du cours au plus tard le 15 mars 2017. Chaque équipe devra rencontrer le professeur responsable au moins une fois durant la session pour discuter l'avancement de leur projet. Une date sera déterminée en mars.
Le projet réalisé sera livré de deux façons : un exposé en classe de 15 minutes le 26 avril 2017, puis un rapport écrit sous forme d'article à remettre au plus tard le 03 mai 2017. Vous devez remettre toutes les annexes que vous avez générées dans un dossier compressé (.zip ou .tar.gz). N'oubliez pas de bien les identifier et les commenter. Le rapport principal sera de 12 pages maximum et comprendra les sections suivantes :
1) Un résumé de votre étude (1/2 page)
2) Une introduction avec les références pertinentes (2 pages)
3) Méthodologie (2 à 3 pages)
4) Résultats et discussions (4 à 5pages)
5) Conclusion (1 page)
6) Références en écartant les références de Wikipedia (1 page maximum)
Calendrier
Le cours sera donné par deux enseignants qui donneront chacun sept séances de cours.
| 11 Janvier 2017 | Matthieu Willems | Plan de cours, Introduction, Contexte, Problème, Modèles d'évolution |
| 18 Janvier 2017 | Matthieu Willems |
Méthodes de distance, Stage en bioinformatique |
| 25 Janvier 2017 | Matthieu Willems | Méthode de parcimonie, Exploration de l'espace des topologies |
| 1er Février 2017 | Matthieu Willems | Méthode du maximum de vraisemblance, Bootstrap |
| 08 Février 2017 | Matthieu Willems | Présentation du TP1 et du logiciel T-Rex, Méthodes bayésiennes, |
| 15 Février 2017 | Matthieu Willems |
Validations statistiques, Réseaux phylogénétiques |
| 22 Février 2017 | Etienne Lord | ARN : prédiction de structures secondaires |
| 1er mars 2017 | Relâche | |
| 08 mars 2017 | Matthieu Willems | ARN : microARNs |
| 15 mars 2017 | Etienne Lord | Introduction aux techniques d'apprentissage automatique |
| 22 mars 2017 | Etienne Lord | Protéines : prédiction de structures 3D, visualisation |
| 29 mars 2017 | Etienne Lord | Protéines : classification, interaction, et réseaux |
| 05 avril 2017 | Etienne Lord | Protéines : suite des réseaux, mesure de distances, utilisation de Igrap |
|
12 avril 2017 |
Etienne Lord | Réseaux : logiciels Cytoscape et Gephi |
| 19 avril 2017 | Etienne Lord | Simulation des voies de régulation |
| 26 avril 2017 | Etienne Lord et Matthieu Willems | Présentation des projets de session |
Engagements et Responsabilités
Politique d'absence aux examens
L'autorisation de reprendre un examen en cas d'absence est de caractère exceptionnel. Pour obtenir un tel privilège, l'étudiant-e doit avoir des motifs sérieux et bien justifiés.
Il est de la responsabilité de l'étudiant-e de ne pas s'inscrire à des cours qui sont en conflit d'horaire, tant en ce qui concerne les séances de cours ou d'exercices que les examens. De tels conflits d'horaire ne constituent pas un motif justifiant une demande d'examen de reprise.
Dans le cas d'une absence pour raison médicale, l'étudiant-e doit joindre un certificat médical original et signé par le médecin décrivant la raison de l'absence à l'examen. Les dates d'invalidité doivent être clairement indiquées sur le certificat. Une vérification de la validité du certificat pourrait être faite. Dans le cas d'une absence pour une raison non médicale, l'étudiant-e doit fournir les documents originaux expliquant et justifiant l'absence à l'examen – par exemple, lettre de la Cour en cas de participation à un jury, copie du certificat de décès en cas de décès d'un proche, etc. Toute demande incomplète sera refusée. Si la direction du programme d'études de l'étudiant-e constate qu'un étudiant a un comportement récurrent d'absence aux examens, l'étudiant-e peut se voir refuser une reprise d'examen.
L'étudiant-e absent-e lors d'un examen doit, dans les cinq (5) jours ouvrables suivant la date de l'examen, présenter une demande de reprise en utilisant le formulaire prévu, disponible sur le site Web du département à l'adresse suivante : http://info.uqam.ca/politiques/
L'étudiant-e doit déposer le formulaire dûment complété au secrétariat de la direction de son programme d'études : PK-3150 pour les programmes de premier cycle, PK-4150 pour les programmes de cycles supérieurs. Pour plus de détails sur la politique d'absence aux examens du Département d'informatique, consultez le site web suivant : http://info.uqam.ca/politiques
Intégrité académique
PLAGIAT Règlement no 18 sur les infractions de nature académique. (extraits)
Tout acte de plagiat, fraude, copiage, tricherie ou falsification de document commis par une étudiante, un étudiant, de même que toute participation à ces actes ou tentative de les commettre, à l'occasion d'un examen ou d'un travail faisant l'objet d'une évaluation ou dans toute autre circonstance, constituent une infraction au sens de ce règlement.
La liste non limitative des infractions est définie comme suit :
- la substitution de personnes;
- l'utilisation totale ou partielle du texte d'autrui en la faisant passer pour sien ou sans indication de référence;
- la transmission d'un travail pour fins d'évaluatiion alors qu'il constitue essentiellement un travail qui a déjà été transmis pour fins d'évaluation académique à l'Université ou dans une autre institution d'enseignement, sauf avec l'accord préalable de l'enseignante, l'enseignant;
- l'obtention par vol, manoeuvre ou corruption de questions ou de réponses d'examen ou de tout autre document ou matériel non autorisés, ou encore d'une évaluation non méritée;
- la possession ou l'utilisation, avant ou pendant un examen, de tout document non autorisé;
- l'utilisation pendant un examen de la copie d'examen d'une autre personne;
- l'obtention de toute aide non autorisée, qu'elle soit collective ou individuelle;
- la falsification d'un document, notamment d'un document transmis par l'Université ou d'un document de l'Université transmis ou non à une tierce persone, quelles que aoient les circonstances;
- la falsification de données de recherche dans un travail, notamment une thèse, un mémoire, un mémoire-création, un rapport de stage ou un rapport de recherche;
- Les sanctions reliées à ces infrations sont précisées à l'article 3 du Règlement no 18.
Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants : http://www.sciences.uqam.ca/etudiants/integrite-academique.html et http://www.bibliotheques.uqam.ca/recherche/plagiat/index.html
Médiagraphie
Phylogénie :
VR Felsenstein, J. (2004). Inferring Phylogenies. Sunderland, MA, USA: Sinauer Associates.
VC Huson, D. H., Rupp R., & Scornavacca, C. (2011). Phylogenetic Networks: Concepts, Algorithms and Applications. New York, NY, USA: Cambridge University Press.
ARN :
AC Ameres, S. L., & Zamore, P. D. (2013). Diversifying microRNA sequence and function. Nature reviews Molecular cell biology, 14(8), 475-488.
AC Mendes, N. D., Freitas, A. T., & Sagot, M. F. (2009). Current tools for the identification of miRNA genes and their targets. Nucleic acids research, 37(8), 2419-2433.
Apprentissage automatique :
VC Pang-Ning, T., Steinbach, M., & Kumar, V. (2006). Introduction to data mining. Boston, MA, USA: Pearson.
VC Cornuéjols A., & Miclet L. (2010). Apprentissage artificiel - Concepts et algorithmes (2ème éd.). Paris, France: Eyrolles.
Protéines :
AC Bryan, A. W., Starner-Kreinbrink, J. L., Hosur, R., Clark, P. L., & Berger, B. (2011). Structure-based prediction reveals capping motifs that inhibit β-helix aggregation. Proceedings of the National Academy of Sciences, 108(27), 11099-11104.
VC Creighton, T. E. (1993). Proteins: structures and molecular properties. New York, NY, USA: W. H. Freeman.
Réseaux :
AC Newman, M. E. (2003). The structure and function of complex networks. SIAM review, 45(2), 167-256.
AC Alvarez-Ponce, D., Lopez, P., Bapteste, E., & McInerney, J. O. (2013). Gene similarity networks provide tools for understanding eukaryote origins and evolution. Proceedings of the National Academy of Sciences, 110(17), E1594-E1603.
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