BIF7101 - Bioinformatique des structures
Hiver 2016 - Version (14/01/16 15:41) Coordonateur du cours
| Nom | MAKARENKOV, Vladimir |
| Courriel | makarenkov.vladimir@uqam.ca |
| Téléphone | (514) 987-3000 #3870 |
| Local | PK-4815 |
Groupes
| 30 | WILLEMS, Matthieu | willems.matthieu@uqam.ca | (514) 987-3000 #4803 | PK-4660 |
| Mercredi, de 17h30 à 20H30 Salle PK-4323 (cours) |
| 30 | REMITA, Mohamed Amine | remita.mohamed_amine@uqam.ca | (514) 987-3000 #5576 | PK-4445 |
| Mercredi, de 17h30 à 20h30 Salle PK-4323 (cours) |
| 30 | LORD, Étienne | lord.etienne@uqam.ca | (514) 987-3000 #4803 | PK-4660 |
| Mercredi, de 17h30 à 20h30 Salle PK-4323 (cours) |
Description du cours
Modalités d'évaluation
Le cours sera donné par trois enseignants qui donneront chacun cinq séances de cours.
| Évaluations | Dates de remise | Pondération |
| T.P. Phylogénie | 09 mars 2016 | 30% |
| T.P. ARN | 30 Mars 2016 | 15% |
| T.P. Protéines et réseaux | 20 Avril 2016 | 15% |
| Projet de session | 27 Avril 2016 | 30% |
| Présentation | 04 mai 2016 | 10% |
Travaux pratiques (T.P.)
Les T.P. seront de petits exercices qui touchent directement la matière enseignée les semaines précédentes. Les énoncés seront donnés trois semaines avant la date de remise. Les travaux pratiques doivent être faits individuellement et remis sous format papier.
Projet de session
Les projets de session sont à faire en équipe de deux étudiants. Les équipes devront définir et envoyer un énoncé de projet à un des trois professeurs du cours au plus tard le 24 février. Chaque équipe devra rencontrer le professeur responsable de son projet au moins une fois durant la session pour discuter l'avancement de leur projet. Une date sera déterminée en mars. Ce travail se fera en équipe de deux étudiants.
Le projet réalisé sera livré de deux façons : un exposé en classe de 15 minutes le 27 avril, puis un rapport écrit sous forme d'article à remettre le 27 avril. Vous devez remettre toutes les annexes que vous avez générées dans un dossier compressé (.zip ou .tar.gz). N'oubliez pas de bien les identifier et les commenter. Le rapport principal sera de 12 pages maximum et comprendra les sections suivantes :
1) Un résumé de votre étude (1/2 page)
2) Une introduction avec les références pertinentes (2 pages)
3) Méthodologie (2 à 3 pages)
4) Résultats et discussions (4 à 5pages)
5) Conclusion (1 page)
6) Références en écartant les références de Wikipedia (1 page maximum)
Calendrier
| Séance | Date | Enseignant | Sujet |
|---|---|---|---|
| 1 | 13 Janvier 2016 | Matthieu Willems | Stage en bioinformatique Plan de cours, Introduction |
| 2 | 20 Janvier 2016 | Matthieu Willems | Introduction, Contexte, Problème, Modèles d'évolution, Méthodes de distance |
| 3 | 27 Janvier 2016 | Matthieu Willems | Exploration de l'espace des topologies, Méthode de parcimonie |
| 4 | 3 Février 2016 | Matthieu Willems | Maximum de vraisemblance, Bootstrap |
| 5 | 10 Février 2016 | Matthieu Willems | Méthodes bayésiennes, Validations statistiques, Réseaux phylogénétiques |
| 6 | 17 Février 2016 | Mohamed A. Remita | ARN : prédiction de structures secondaires |
| 7 | 24 Février 2016 | Mohamed A. Remita | ARN : microARNs |
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Relâche |
2 Mars 2016 |
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| 8 | 9 Mars 2016 | Mohamed A. Remita | Séquençage à haut débit (NGS) et prédiction bioinformatique à grande échelle |
| 9 | 16 Mars 2016 | Mohamed A. Remita | Introduction aux techniques d'apprentissage automatique |
| 10 | 23 Mars 2016 | Mohamed A. Remita | Utilisation de l'apprentissage automatique en bioinformatique |
| 11 | 30 Mars 2016 | Etienne Lord | Protéines : prédiction de structures 3D, visualisation |
| 12 | 6 Avril 2016 | Etienne Lord | Protéines : classification, interaction, et réseaux |
| 13 | 13 Avril 2016 | Etienne Lord | Protéines: suite des réseaux, mesure de distances, introduction à Igraph |
| 14 | 20 Avril 2016 | Etienne Lord | Simulation des voies de régulation |
| 15 | 27 Avril 2016 | Etienne Lord | Présentation des projets de session |
Engagements et Responsabilités
Politique d'absence aux examens
L'autorisation de reprendre un examen en cas d'absence est de caractère exceptionnel. Pour obtenir un tel privilège, l'étudiant-e doit avoir des motifs sérieux et bien justifiés.
Il est de la responsabilité de l'étudiant-e de ne pas s'inscrire à des cours qui sont en conflit d'horaire, tant en ce qui concerne les séances de cours ou d'exercices que les examens. De tels conflits d'horaire ne constituent pas un motif justifiant une demande d'examen de reprise.
Dans le cas d'une absence pour raison médicale, l'étudiant-e doit joindre un certificat médical original et signé par le médecin décrivant la raison de l'absence à l'examen. Les dates d'invalidité doivent être clairement indiquées sur le certificat. Une vérification de la validité du certificat pourrait être faite. Dans le cas d'une absence pour une raison non médicale, l'étudiant-e doit fournir les documents originaux expliquant et justifiant l'absence à l'examen – par exemple, lettre de la Cour en cas de participation à un jury, copie du certificat de décès en cas de décès d'un proche, etc. Toute demande incomplète sera refusée. Si la direction du programme d'études de l'étudiant-e constate qu'un étudiant a un comportement récurrent d'absence aux examens, l'étudiant-e peut se voir refuser une reprise d'examen.
L'étudiant-e absent-e lors d'un examen doit, dans les cinq (5) jours ouvrables suivant la date de l'examen, présenter une demande de reprise en utilisant le formulaire prévu, disponible sur le site Web du département à l'adresse suivante : http://info.uqam.ca/politiques/
L'étudiant-e doit déposer le formulaire dûment complété au secrétariat de la direction de son programme d'études : PK-3150 pour les programmes de premier cycle, PK-4150 pour les programmes de cycles supérieurs. Pour plus de détails sur la politique d'absence aux examens du Département d'informatique, consultez le site web suivant : http://info.uqam.ca/politiques
Intégrité académique
PLAGIAT Règlement no 18 sur les infractions de nature académique. (extraits)
Tout acte de plagiat, fraude, copiage, tricherie ou falsification de document commis par une étudiante, un étudiant, de même que toute participation à ces actes ou tentative de les commettre, à l'occasion d'un examen ou d'un travail faisant l'objet d'une évaluation ou dans toute autre circonstance, constituent une infraction au sens de ce règlement.
La liste non limitative des infractions est définie comme suit :
- la substitution de personnes;
- l'utilisation totale ou partielle du texte d'autrui en la faisant passer pour sien ou sans indication de référence;
- la transmission d'un travail pour fins d'évaluatiion alors qu'il constitue essentiellement un travail qui a déjà été transmis pour fins d'évaluation académique à l'Université ou dans une autre institution d'enseignement, sauf avec l'accord préalable de l'enseignante, l'enseignant;
- l'obtention par vol, manoeuvre ou corruption de questions ou de réponses d'examen ou de tout autre document ou matériel non autorisés, ou encore d'une évaluation non méritée;
- la possession ou l'utilisation, avant ou pendant un examen, de tout document non autorisé;
- l'utilisation pendant un examen de la copie d'examen d'une autre personne;
- l'obtention de toute aide non autorisée, qu'elle soit collective ou individuelle;
- la falsification d'un document, notamment d'un document transmis par l'Université ou d'un document de l'Université transmis ou non à une tierce persone, quelles que aoient les circonstances;
- la falsification de données de recherche dans un travail, notamment une thèse, un mémoire, un mémoire-création, un rapport de stage ou un rapport de recherche;
- Les sanctions reliées à ces infrations sont précisées à l'article 3 du Règlement no 18.
Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants : http://www.sciences.uqam.ca/etudiants/integrite-academique.html et http://www.bibliotheques.uqam.ca/recherche/plagiat/index.html
Médiagraphie
Phylogénie:
VR Felsenstein, J. (2004). Inferring Phylogenies. Sunderland, MA, USA: Sinauer Associates.
VC Huson, D. H., Rupp R., & Scornavacca, C. (2011). Phylogenetic Networks: Concepts, Algorithms and Applications. New York, NY, USA: Cambridge University Press.
ARN:
AC Ameres, S. L., & Zamore, P. D. (2013). Diversifying microRNA sequence and function. Nature reviews Molecular cell biology, 14(8), 475-488.
AC Mendes, N. D., Freitas, A. T., & Sagot, M. F. (2009). Current tools for the identification of miRNA genes and their targets. Nucleic acids research, 37(8), 2419-2433.
Apprentissage automatique:
VC Pang-Ning, T., Steinbach, M., & Kumar, V. (2006). Introduction to data mining. Boston, MA, USA: Pearson.
VC Cornuéjols A., & Miclet L. (2010). Apprentissage artificiel - Concepts et algorithmes (2ème éd.). Paris, France: Eyrolles.
Protéines:
AC Bryan, A. W., Starner-Kreinbrink, J. L., Hosur, R., Clark, P. L., & Berger, B. (2011). Structure-based prediction reveals capping motifs that inhibit β-helix aggregation. Proceedings of the National Academy of Sciences, 108(27), 11099-11104.
VC Creighton, T. E. (1993). Proteins: structures and molecular properties. New York, NY, USA: W. H. Freeman.
Réseaux:
AC Newman, M. E. (2003). The structure and function of complex networks. SIAM review, 45(2), 167-256.
AC Alvarez-Ponce, D., Lopez, P., Bapteste, E., & McInerney, J. O. (2013). Gene similarity networks provide tools for understanding eukaryote origins and evolution. Proceedings of the National Academy of Sciences, 110(17), E1594-E1603.
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