INF4500 — Bioinformatique (UQAM)

INF4500 - Bioinformatique

Plan de cours Automne 2020

Horaires, locaux et enseignants
Version PDF du plan de cours
Site web du cours: https://www.moodle2.uqam.ca/coursv3/course/view.php?id=37610

Responsable(s) du cours

Coordination

Reinharz, Vladimir
PK-4320
reinharz.vladimir@uqam.ca
https://cbe.uqam.ca

Enseignement

Reinharz, Vladimir

Communication

Les étudiants doivent consulter régulièrement leur courriel UQAM, moyen de communication du professeur avec le groupe-cours.

Le site web officiel du cours est sur Moodle, il contient le matériel du cours (diapositives, vidéos, etc…) et servira pour les évaluations en ligne (quiz, remises de TP, etc.).

Description du cours

Initier l’étudiant aux concepts, outils et techniques de la bioinformatique. Relations entre l’informatique et la biologie. Nature et diversité des informations biologiques. Utilisation des ressources (informationnelles et logicielles) disponibles sur le Web. Algorithmes et heuristiques pour la comparaison et l’alignement de séquences biologiques. Assemblage et regroupement de séquences biologiques. Méthodes pour la comparaison de génomes. Introduction à la phylogénie, algorithmes et construction d’arbres et de réseaux. Algorithmes pour la détection et la comparaison de structure d’ARN. Ce cours comporte une séance obligatoire de laboratoire (deux heures).

Préalable académique

Objectifs du cours

À la fin du cours, l’étudiante ou l’étudiant sera capable de :

Contenu du cours

Séances de laboratoires

Les laboratoires se font principalement dans un environnement Linux et servent à:

Les laboratoires ne sont pas notés mais la participation active aux laboratoires est recommandée. En particulier, de la matière uniquement vue en laboratoire pourra faire partie des évaluations.

Les heures de laboratoires pouront etre utilisées pour des évaluations synchrones.

Formule pédagogique et matériel requis

Modalités d’évaluation

Outil d’évaluation Pondération Échéance
Quiz 1 2% Semaine 3
Quiz 2 2% Semaine 4
Travail pratique 1 20% Semaines 6
Quiz 3 2% Semaine 8
Travail pratique 2 20% Semaines 10
Quiz 4 2% Semaine 11
Quiz 5 2% Semaine 13
Travail pratique 3 20% Semaines 14
Examen oral 30% Semaines du 14 (labo), 15 (cours et labo) et 16 (cours et labo)

Les Quiz seront disponible sur Moodle de lundi 20h a vendredi 17h. Une fois commencé, il y aura 1h pour le compléter.

Les remises des TP se font électroniquement (les détails techniques seront donnés en classe). Plusieurs remises peuvent être faites, seule la plus récente sera considérée. Aucun retard ne sera accepté pour les travaux.

Tous les travaux doivent être remis sous format PDF, et le code doit être exécutable / compilable sur java.labunix.uqam.ca .

L’examen oral sera sur rendez-vous durant un moment choisi avant la semaine 12 (prévoir 30min). Il portera sur tout le contenu du cours.

Règles concernant le seuil de passage

L’étudiant doit obtenir

Si ces seuils ne sont pas atteints, la mention échec sera automatiquement attribuée au cours.

Horaire détaillé

# Cours Laboratoire
1 Pas de cours Intro. Python
2 Introduction à la biologie Python 2
3 Programmation dynamique, alignment de séquences Base de données
4 Alignement multiple de séquences Outils d’alignement
5 BLAST et heuristiques de recherche Outils de recherche
6 Pas de cours Période de questions
7 Assemblage de génome Le génome humain?
8 Phylogénie L’arbre de la vie
9 Structure de protéines Visualisation et base de données de structures
10 Théorie des languages, automates, chaînes de Markov Période de questions
11 Chaînes de Markov, algorithme de Viterbi, profiles Outils et base de données d’ARN
12 Partionnement de données et populations génétiques Variations génétiques
13 Structure secondaire d’ARN Le ViennaPackage
14 Structures d’ARN et distribution de Boltzmann Examen oral (ou période de questions)
15 Examen oral Examen oral
16 Examen oral Examen oral

Médiagraphie

Tout le matériel nécessaire sera présenté en classe.

Ressources complémentaires

Quelques références supplémentaires sont:

Participation à un cours ou à une activité d’enseignement en ligne

Monitorat de programme

Le département d’informatique offre un service de monitorat gratuit s’adressant plus particulièrement aux étudiant.e.s du baccalauréat et du certificat en informatique. Il concerne principalement les cours de base comme INF1070, INF1120, INF1132, INF2120 et INF2171, mais, selon la connaissance du moniteur ou de la monitrice, un support dans d’autres cours peut également être offert.

Objectifs

Permettre aux étudiant.e.s de :

Informations

Politique d’absence aux examens

Reprise d’examen

L’autorisation de reprendre un examen en cas d’absence est de caractère exceptionnel. Pour obtenir un tel privilège, l’étudiant-e doit avoir des motifs sérieux et bien justifiés.

Conflits d’horaire

Il est de la responsabilité de l’étudiant.e de ne pas s’inscrire à des cours qui sont en conflit d’horaire, tant en ce qui concerne les séances de cours ou d’exercices que les examens. De tels conflits d’horaire ne constituent pas un motif justifiant une demande d’examen de reprise.

Procédure

L’étudiant.e absent.e lors d’un examen doit, dans les cinq (5) jours ouvrables suivant la date de l’examen, présenter une demande de reprise en utilisant le formulaire prévu, disponible sur http://info.uqam.ca/politiques.

L’étudiant.e doit déposer le formulaire dûment complété au secrétariat de la direction de son programme d’études :

Pièces justificatives

Dans le cas d’une absence pour raison médicale, l’étudiant.e doit joindre un certificat médical original et signé par le médecin décrivant la raison de l’absence à l’examen. Les dates d’invalidité doivent être clairement indiquées sur le certificat. Une vérification de la validité du certificat pourrait être faite. Dans le cas d’une absence pour une raison non médicale, l’étudiant.e doit fournir les documents originaux expliquant et justifiant l’absence à l’examen ; par exemple, lettre de la Cour en cas de participation à un jury, copie du certificat de décès en cas de décès d’un proche, etc. Toute demande incomplète sera refusée. Si la direction du programme d’études de l’étudiant.e constate qu’un.e étudiant.e a un comportement récurrent d’absence aux examens, l’étudiant.e peut se voir refuser une reprise d’examen.

Pour plus d’informations

Consulter la page http://info.uqam.ca/politiques.

Règlement numéro 18 sur les infractions de nature académique (extraits)

Tout acte de plagiat, fraude, copiage, tricherie ou falsification de document commis par une étudiante, un étudiant, de même que toute participation à ces actes ou tentative de les commettre, à l’occasion d’un examen ou d’un travail faisant l’objet d’une évaluation ou dans toute autre circonstance, constituent une infraction au sens de ce règlement.

La liste non limitative des infractions est définie comme suit :

Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements :

Politique no 16 visant à prévenir et combattre le sexisme et les violences à caractère sexuel

Les violences à caractère sexuel se définissent comme étant des comportements, propos et attitudes à caractère sexuel non consentis ou non désirés, avec ou sans contact physique, incluant ceux exercés ou exprimés par un moyen technologique, tels les médias sociaux ou autres médias numériques. Les violences à caractère sexuel peuvent se manifester par un geste unique ou s’inscrire dans un continuum de manifestations et peuvent comprendre la manipulation, l’intimidation, le chantage, la menace implicite ou explicite, la contrainte ou l’usage de force.

Les violences à caractère sexuel incluent, notamment :

Pour consulter la politique no 16

https://instances.uqam.ca/wp-content/uploads/sites/47/2018/05/Politique_no_16.pdf

Pour obtenir de l’aide, faire une divulgation ou une plainte

Bureau d’intervention et de prévention en matière de harcèlement
514-987-3000, poste 0886

Pour obtenir la liste des services offerts à l’UQAM et à l’extérieur de l’UQAM

https://harcelement.uqam.ca

Soutien psychologique (Services à la vie étudiante)

514-987-3185
Local DS-2110

CALACS Trêve pour Elles – point de services UQAM

514 987-0348
calacs@uqam.ca
http://trevepourelles.org

Service de la prévention et de la sécurité

514-987-3131

Politique no 44 d’accueil et de soutien des étudiant.e.s en situation de handicap 

Politique

Par sa politique, l’Université reconnait, en toute égalité des chances, sans discrimination ni privilège, aux étudiant.e.s en situation de handicap, le droit de bénéficier de l’ensemble des ressources du campus et de la communauté universitaire, afin d’assurer la réussite de leurs projets d’études, et ce, dans les meilleures conditions possibles. L’exercice de ce droit est, par ailleurs, tributaire du cadre réglementaire régissant l’ensemble des activités de l’Université.

Responsabilité de l’étudiant.e

Il incombe aux étudiant.e.s en situation de handicap de rencontrer les intervenant.e.s (conseiller.ère.s à l’accueil et à l’intégration du Service d’accueil et de soutien des étudiant.e.s en situation de handicap, professeur.e.s, chargé.e.s de cours, direction de programmes, associations étudiantes concernées, etc.) qui pourront faciliter leur intégration à la communauté universitaire ou les assister et les soutenir dans la résolution de problèmes particuliers en lien avec les limitations entraînées par leur déficience.

Service d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap

Le Service d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap (SASESH) offre des mesures d’aménagement dont peuvent bénéficier certains étudiant.e.s. Il est fortement recommandé aux de se prévaloir de ces services afin de réussir ses études, sans discrimination. Pour plus d’information, visiter le site de ce service : https://vie-etudiante.uqam.ca/etudiant-situation-handicap/nouvelles-ressources.html et celui de la politique institutionnelle d’accueil et de soutien aux étudiant.e.s en situation de handicap : https://instances.uqam.ca/wp-content/uploads/sites/47/2018/05/Politique_no_44.pdf

Il est important d’informer le SASESH de votre situation le plus tôt possible :