% INF8212 — Introduction aux systèmes informatiques % UQAM — Département d'informatique % Plan de cours — Automne 2021 * Horaires, locaux et enseignants: Responsable(s) du cours ======================= Coordination ------------ Makarenkov, Vladimir PK-4815 Enseignement ------------- Boc, Alix PK-4115 Groupes: 020 Description du cours ==================== Ce cours vise à initier l'étudiant à un environnement de programmation, aux structures mathématiques utiles en bioinformatique et aux principes de base de la conception et de l'analyse des algorithmes. Introduction aux ordinateurs et leurs systèmes d'exploitation. Préalables académiques : Principes d'utilisation, gestion de fichiers, interfaces d'utilisateurs, consultation de la documentation intégrée, édition de fichiers. Introduction à Internet et aux ressources bioinformatiques: transactions sur Internet, utiliser les outils de recherche (bioinformatiques. Introduction à la programmation: représentation des données et principales structures de contrôle, méthodologie de programmation: spécification, documentation, élaboration, mise au point, vérification; utilitaires d'aide à la programmation et au traitement de données. Introduction aux fonctions, aux listes et tableaux. Ce cours intègre la théorie et la pratique sur des postes informatiques. Il comporte une séance supplémentaire obligatoire de laboratoire. Objectif du cours ================= Ce cours vise à initier l'étudiant, l'étudiante à l'utilisation: - des micro-ordinateurs, de leur système d'exploitation, d'Internet ; - de la programmation dans un langage de haut niveau ; - des structures de données et algorithmes ; - des bases de données \[relationnelles\] ; - de certains outils requis plus spécifiquement par la bioinformatique. À la fin du cours, l'étudiant, l'étudiante devrait être en mesure d'établir et réaliser une procédure technique de résolution d'un problème simple demandé à un, une bioinformaticien-ne, comme par exemple trouver, choisir et/ou élaborer les outils pour retracer une séquence dans une base de données, sauvegarder les données recueillies, les manipuler en les traitant à l'aide d'un programme simple en langage de haut niveau. Les compétences développées dans le cadre de ce cours rendront l'étudiant, l'étudiante capable de : - Utiliser un micro-ordinateur pour ses fonctions d'usage courant (manipulation de fichiers, sauvegarde, utilisation d'applications) - Utiliser efficacement les outils exploitant Internet (courriel, FTP, Telnet, WWW, outils de publication d'information dans Internet - Utiliser un environnement de développement de logiciel - Utiliser une approche structurée dans la résolution de problèmes - Concevoir et de codifier de petits programmes manipulant principalement des objets représentant des chaînes de caractères - Effectuer des requêtes simples à une base de données - Choisir et utiliser les outils disponibles afin de recueillir des données bio-informatiques dans Internet, les sauvegarder, les manipuler et les traiter - Interpréter correctement les formats de données dans des fichiers ou des bases de données - Comprendre et utiliser correctement les termes techniques associés aux concepts présentés Contenu du cours ================ - Semaine 1 : Présentation du cours - Systèmes d'exploitations - Linux - Semaine 2 : La représentation et la manipulation des nombres et des caractères - Semaine 3 : Programmation I - Langage Python / Structures de données - Semaine 4 : Programmation II - Langage Python / Structures de données - Semaine 5 : Programmation III - Langage Python / Structures de données - Semaine 6 : Programmation IV - Langage Python / Étude de cas - Semaine 7 : Examen Intra - Semaine 8 : Programmation V - Langage Python / Structures de données - Semaine 9 : Programmation VI - Langage Python / Structures de données - Semaine 10 : Introduction à BioPython I - Semaine 11 : Introduction à BioPython II - Semaine 12 : Base de données I - Semaine 13 : Base de données II - Semaine 14 : Étude de cas / préparation à l'examen final - Semaine 15 : Examen final Modalités d'évaluation ====================== Description Date Pondération ---------------------- ------------ ------------- Travail pratique \#1 Semaine 8 20% Travail pratique \#2 Semaine 11 20% Travail pratique \#3 Semaine 14 20% Examen intra Semaine 7 20% Examen final Semaine 15 20% ***L'évaluation des travaux pratiques se fera lors de rencontres zoom avec chaque équipe.*** Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants : , et Médiagraphie ============ VO -- Notes de cours distribuées par les enseignants. UO -- Site officiel : UO -- BioPython : VR -- Apprendre à programmer avec Python 3, Gérard Swinnen VR -- Learning Python, 5th Edition, Mark Luiz