% INF8212 — Introduction aux systèmes informatiques
% UQAM — Département d'informatique
% Plan de cours — Automne 2019

* Horaires, locaux et enseignants: <https://etudier.uqam.ca/cours?sigle=INF8212>


Responsable(s) du cours
=======================

Coordination
------------

Makarenkov, Vladimir
PK-4815
poste 3870
<makarenkov.vladimir@uqam.ca>

Description du cours
====================

Ce cours vise à initier l'étudiant à un environnement de programmation,
aux structures mathématiques utiles en bioinformatique et aux principes
de base de la conception et de l'analyse des algorithmes. Introduction
aux ordinateurs et leurs systèmes d'exploitation.

Préalables académiques :

Principes d'utilisation, gestion de fichiers, interfaces d'utilisateurs,
consultation de la documentation intégrée, édition de fichiers.
Introduction à Internet et aux ressources bioinformatiques: transactions
sur Internet, utiliser les outils de recherche (bioinformatiques.
Introduction à la programmation: représentation des données et
principales structures de contrôle, méthodologie de programmation:
spécification, documentation, élaboration, mise au point, vérification;
utilitaires d'aide à la programmation et au traitement de données.
Introduction aux fonctions, aux listes et tableaux. Ce cours intègre la
théorie et la pratique sur des postes informatiques. Il comporte une
séance supplémentaire obligatoire de laboratoire.

Objectif du cours
=================

Ce cours vise à initier l'étudiant, l'étudiante à l'utilisation:

-   des micro-ordinateurs, de leur système d'exploitation, d'Internet ;
-   de la programmation dans un langage de haut niveau ;
-   des structures de données et algorithmes ;
-   des bases de données \[relationnelles\] ;
-   de certains outils requis plus spécifiquement par la
    bioinformatique.

À la fin du cours, l'étudiant, l'étudiante devrait être en mesure
d'établir et réaliser une procédure technique de résolution d'un
problème simple demandé à un, une bioinformaticien-ne, comme par exemple
trouver, choisir et/ou élaborer les outils pour retracer une séquence
dans une base de données, sauvegarder les données recueillies, les
manipuler en les traitant à l'aide d'un programme simple en langage de
haut niveau.

Les compétences développées dans le cadre de ce cours rendront
l'étudiant, l'étudiante capable de :

-   Utiliser un micro-ordinateur pour ses fonctions d'usage courant
    (manipulation de fichiers, sauvegarde, utilisation d'applications)
-   Utiliser efficacement les outils exploitant Internet (courriel, FTP,
    Telnet, WWW, outils de publication d'information dans Internet
-   Utiliser un environnement de développement de logiciel
-   Utiliser une approche structurée dans la résolution de problèmes
-   Concevoir et de codifier de petits programmes manipulant
    principalement des objets représentant des chaînes de caractères
-   Effectuer des requêtes simples à une base de données
-   Choisir et utiliser les outils disponibles afin de recueillir des
    données bio-informatiques dans Internet, les sauvegarder, les
    manipuler et les traiter
-   Interpréter correctement les formats de données dans des fichiers ou
    des bases de données
-   Comprendre et utiliser correctement les termes techniques associés
    aux concepts présentés

Contenu du cours
================

-   Semaine 1 : Présentation du cours - Systèmes d'exploitations - Linux
-   Semaine 2 : La représentation et la manipulation des nombres et des
    caractères
-   Semaine 3 : Programmation I - Langage Python / Structures de données
-   Semaine 4 : Programmation II - Langage Python / Structures de
    données
-   Semaine 5 : Programmation III - Langage Python / Structures de
    données
-   Semaine 6 : Programmation IV - Langage Python / Étude de cas
-   Semaine 7 : Examen Intra
-   Semaine 8 : Programmation V - Langage Python / Structures de données
-   Semaine 9 : Programmation VI - Langage Python / Structures de
    données
-   Semaine 10 : Introduction à BioPython
-   Semaine 11 : Expressions régulières I
-   Semaine 12 : Expressions régulières II
-   Semaine 13 : Base de données I
-   Semaine 14 : Base de données II
-   Semaine 15 : Examen final

Modalités d'évaluation
======================

       Description sommaire                                   Date                               Pondération
  ------------------------------- ------------------------------------------------------------- -------------
   Travail de session : partie 1              Semaine 8 : évaluation en présentiel                   5%
   Travail de session : partie 2              Semaine 11 : évaluation en présentiel                  10%
   Travail de session : partie 3   Semaine 14 : évaluation en présentiel + remise electronique       15%
           Examen intra                                     Semaine 7                                35%
           Examen final                                    Semaine 15                                35%

Les règlements concernant le plagiat seront strictement appliqués. Pour
plus de renseignements, veuillez consulter les sites suivants :
<http://www.integrite.uqam.ca>,
<http://www.bibliotheques.uqam.ca/plagiat> et
<http://www.sciences.uqam.ca/decanat/reglements.php>

Médiagraphie
============

VO -- Notes de cours distribuées par les enseignants
<http://www.moodle.uqam.ca>.

UO -- Site officiel : <https://www.python.org/>

UO -- BioPython : <http://biopython.org/>

VR -- Apprendre à programmer avec Python 3, Gérard Swinnen
<http://inforef.be/swi/python.htm>

VR -- Learning Python, 5th Edition, Mark Luiz